Justamente te hace lo que quieres, ¿no? Buscas recursivamente en todos los directorios y listas los ficheros con extensión .SWF
Otra cosa es que también te esté imprimiendo la carpeta a la que entra (me da que te refieres a eso). Añade la opción /b a dir.
Código:
echo off
dir /s /b *.swf \> \disco1.txt
Salu2