el Win98 y el Win2000 fueron creados pensando en diferentes perfiles de usuario, el primero es para el usuario de casa, que se conecta a Internet, usa aplicaciones tipo Windows Media, con un entorno mas amigable, el segundo es para la estación de trabajo de una empresa, un equipo que se conecta a la red, necesita mayor seguridad.
Cita:
Iniciado por thering 
... en realidad es que el 98 no funciona bien...
personalmente considero el Win98SE como una de las versiones mas estables que tiene el SO de Microsoft, en teoría destronado por el WinXp SP3.
la ventaja que ganarías con el Win2000 Pro SP4 usando NTFS obviamente seria la seguridad, estabilidad y usar los USB sin mayor problema, pero te recomendaría que antes de pensar en instalarlo te fijes si tienes todos los drivers para versión.