Al final ya lo coseguí(hacia mal el casting) por si alguien lo necesita.
Cita: Folder folder = store.getFolder("INBOX");
folder.open(Folder.READ_ONLY);
Message[] mensaje = folder.getMessages();
((UIDFolder) folder).getUID(mensaje[i])
Lo que pasa es que si cambio el mensaje de carpeta(trabajo con Imap) se le cambia el valor, por lo que... Si alguien sabe como solucionar eso o si existe otra función para ello, estaría agradecido.
Gracias