... lo primero que deberías de entender de un lenguaje es su sintaxis. Esto no es PHP, es JavaScript, un lenguaje del lado del cliente... debe ser tratado de la misma manera que se trata el HTML.
www.php.net/language.basic-syntax.phpmode
Código php:
Ver original<?php
// estás en PHP
if ($var == 'algo') {
?>
<script>
alert('Esto es JavaScript');
</script>
<?php
}
?>
... pero, adelantándome. JavaScript responde a eventos que suceden en el cliente, no deberás condicionarlo con PHP si esa es tu intención, son lenguajes independientes.
¿Por qué no explicas tu propósito?.