ok por que donde haces la llamada de la funcion le mandas parametros y te sugeriria que las asignaciones de valores las hicieras antes y despues en los parametros solo mandaras esa variables
print("<tr>");
print "<td bgcolor=#FFCCFF><font color=#000000 face=Trebuchet MS><a href=\"#\"
onClick=\"datosg(documento='".$check."',boton='".$ bot."',id='".$clave."')\" >".$rowreg["numero"]."</font></a></td>";
print "<td bgcolor=#FFCCFF ><font color=#000000 face=Trebuchet MS>".$rowreg["notaria"]."</font></td>";
print "<td bgcolor=#FFCCFF><font color=#000000 face=Trebuchet MS>".$rowreg["tipo"]."</font></td>";
print "<td bgcolor=#FFCCFF ><font color=#000000 face=Trebuchet MS>".$rowreg["protocolo"]."</font></td>";
print("</tr>");
}
}
y donde declaras la funcion la funcion no recibe parametros
echo "<script language=\"javascript\">
function datosg(){
document.getElementById(\"clavear\").value =\"id\";
document.getElementById(documento).checked = true;
document.getElementById(boton).disabled = false;";
echo "}</script>";