En tu cfg.xml de turno tienes la cadena de conexion. Es ahi donde se conecta.
Lo que me desconcierta y bastante es lo que comentaste de cambiar <property name="hibernate.hbm2ddl.auto">update</property>
a create, es decir, el esquema de BBDD no existia.
A ver si estas conectandote a otro esquema con HSQL...
Saludos.