No se si hay una forma mejor, pero yo, primero de todo haría una copia de seguridad de todos los registros
.
Luego crearia un campo con formato fecha en la misma tabla con distinto nombre.
Creas un script que lea todos los campos uno por uno, los tratas y los insertas modificados en el campo que has creado. Una vez los tengas todos insertados eliminas el campo antiguo y le cambias el nombre al campo nuevo.
Tendrás que tener en cuenta que si hay código hecho, tendrás que comprobar que no te dan error al leer o al tratar las fechas con el formato antiguo.
Espero haberme explicado bien y si necesitas mas ayuda lo comentas.