Bueno, lo que se me ocurre en este momento asi en la cabeza es poner una contadora. Es decir, cuando llamas a la consulta que te da los items y cuando entra al while seria, inicializas una contadora en 0 por ej
"$numItem=0"
En el caso hecho con tablas, abras <table> antes de entrar al while o al ciclo mejor dicho, entonces dentro de este creas los td y preguntas
IF $numItems=3 , en caso que sea verdadero agregas <tr> y vuelves a poner a $numItems en 0. Entonces en ese caso cada 3 resultados o items que tengas, bajas de tr y te quedan de a 3.
Eso es lo primero que se me vino a la cabeza (: