Los links a la raíz son a la raíz, jamas deberían ser a un archivo. Aunque es un error muy frecuente duplicar o triplicar la raíz de un sitio, aun en muchos CMS.
dominio.com
www.dominio.com
dominio.com/index.php
deberia ser uno de los dos primeros, de otra forma esta duplicando o triplicando nada menos que la home del sitio, y si bien de pronto no te penalizan estas perdiendo enlaces por dividir entre tres, y también el PR.