Olvidate de tocar HTML y todo lo demás, desde que dices "mi index no tiene header" ya invalida tus conocimientos para meter mano al HTML (sorry), lo mejor es que uses un plugin para gestionar el SEO de tu Wordpress, utiliza:
¿ Comó mejorar el SEO de nuestro Blog Wordpress ?
Instalo el Plugin All In One SEO Pack
http://wp.uberdose.com/2007/03/24/all-in-one-seo-pack/ 
Me permite personalizar los titulos del home, categorías, tags, cada post, e incluso prevenir el contenido duplicado previniendo al bot que debe indexar y que no.