Saludos!!
Eso que te sucede es por el problema que IE tiene para interpretar el margin y el padding, algunos dicen que es porque se topa con float: left / right o cosas similares...
Sea como sea, a nosotros no nos interesa porque sucede, sino como se soluciona cierto?
Para eso, te dejo un articulo que te ayudara...
Modelo de Caja IE6
Hasta Luego!!
