Porque es más rápido, imaginate que quieras cambiar de tema o cambiar el diseño de tu sitio, tendrías que volver a hacer todo...
El respaldo también se vuelve más sencillo y menos pesado.
Trabajas con una programación a tres niveles... Usuario Final - Servidor - Servidor de BD así si quieres hacer un cambio solo lo haces en el nivel que mas te acomode y no en toda la estructura.
Aqui puedes obtener un poco mas de información:
http://es.wikipedia.org/wiki/Arquite...e_tres_niveles
Saludos