La solución consiste en poner: "\n" en el scanf para producir el salto de línea, por lo que quedaría:
Cita: fscanf ( "%[^\n] \n", departamento[indice_1].empleado[indice_2]nombre);
La opción que puso DarKayserLeo sirve si quieres ir carácter a carácter.
Muchas gracias por las respuestas :)