Ey, no es necesario pedir disculpas, lo mío sólo era una sugerencia
Al elemento cuya clase quieras modificar, le agregás un atributo id. Si es un enlace:
Código PHP:
<a href="ruta.html" id="algo"...
Si es un li:
Código PHP:
<li id="otro" class="miClase1"...
Los atributos id deben ser únicos (no pueden repetirse en el mismo documento y deben comenzar con letras o _ nunca con números).
Luego, para referenciarlos desde javascript, podés hacerlo con document.getElementById.
Para el primer ejemplo:
Código PHP:
document.getElementById('algo')
Para el segundo:
Código PHP:
document.getElementById('otro')
De esa manera, si querés cambiar la clase asignada al li (miClase1) por una nueva llamada miClase2, basta con esto:
Código PHP:
document.getElementById('otro').className='miClase2';