No se para que queres eso pero te digo dos cosas. La primera es que si tan solo queres ejecutar un exe al inicio de Windows lo unico que tenes que hacer es llamarlo desde el Startup. Si vas al menu de Inicio/Todos los Programas vas a ver un menu Inicio (o Startup en ingles), todo lo que este ahi se ejecuta al abrir windows. La segunda cosa es que si queres hacerlo con un bat, podes crear (si no es que ya existe!) en el C: un archivo que se llama Autoexec.bat y ahi llamas a tu exe.
Para que el bat afecte a tu registro tenes que llamar desde el Bat a un
archivo de registro y nada mas. Espero que todo esto sea con objetivo bueno y no para hacer bichitos.