El error esta en q no puedes evaluar una consulta directamente para esto debes utilizar variables
Código:
DECLARE @COD VARCHAR(100)
SELECT @COD = CODIGO FROM PRODUCCION WHERE BOMCODIGO NOT IN (SELECT BOMCODIGO FROM DETALLEEXPORTACION)
IF NOT @COD IS NULL
SELECT *,'En Deposito' as Estado FROM BomProduccion
ELSE
SELECT *, 'Exportado' as Estado FROM BomProduccion
GO
esto lo podrias poner dentro de un procedimiento almacenado para q sea mas flexible y con una sola llamada ejecutarlo