el problema... viene de que no asignas un ID que relacione uno-con-el-otro
al dejar los corchetes abiertos, se relacionan mal.... a veces, cuando no se selecciona regularmente algo....
simplemente asigna el ID real a cada checkbox/input
Código PHP:
<input name="nombre[<?php echo $row->id; ?>]"> ... <input name="enlace[<?php echo $row->id; ?>]"/>
así, ya los tienes asociados a ambos.... suerte!