Estas un poco confundido Alan
Agregar plugins al Eclipse no tiene nada que ver con añadir librerías a tus proyectos. Son cosas totalmente distintas.
Agregar un plugin de Hibernate (ej HibernateTools) te va a permitir por ej simplificar muchas tareas que tienen que ver con el uso de Hibernate.
Y para que las librerías del paquete org.hibernate.* esten disponibles en tu proyecto las tienes que descargar (
http://www.hibernate.org/6.html) y luego agregarlas al Classpath de tu proyecto. Si estas haciendo un proyecto J2SE tienes que configurar el BuildPath y agregar los JAR que necesites (ej Hibernate Core, Hibernate Annotations, etc)
Y si tu proyecto es J2EE con que las copies dentro de WEB-INF/lib es suficiente
Saludos y espero haberte ayudado un poco
