No la cuestión es que si te daña los .exe tienes dos opciones:
1. Desinfectar tu máquina borrando todo .exe que se te cruce por el camino, o
2. Desinfectar tu PC y no ejecutar ningún .exe sino hasta luego de haberlo desinfectado, tendrás que estudiar el virus y ver que código añade a los .exe luego de eso borrar el código de cada .exe y realinear las cabeceras PE de cada uno, en el mejor de los casos solo aumentó una sección.
Recuerda que si el virus se añade a los .exe es para que cada que ejecutes uno pues de paso ejecutes el virus.
Suerte y cuenta como te fue.
