El documento Perl lo puedes guardar con la extensión que quieras, pero debe ser una que reconozca el servidor web, para que, en vez de mostrar el contenido del programa, lo ejecute. Lo más probable es que sea .pl o .cgi.
Puedes poner código Perl dentro de HTML, pero para eso deberás usar un módulo, como por ejemplo, el
PLP,
Mason,
ePerl o alguno parecido.