Para controlar la página que lanza el popup podés usar opener. Ej:
Código PHP:
opener.location.reload();//para recargar
//opener.close();//para cerrar
Y no, no se puede deshabilitar. Lo que podrías usar es una falsa modal en lugar de un popup para eso (
http://www.google.com.ar/search?q=bo...ient=firefox-a )