Buenas, actualizo este post con la solución que he encontrado, por si hay alguien con el mismo problema.
La solución rupestre a este fallo, es editar el fichero .bpr del proyecto y sustituir en la entradas "Packages" y "Sparelibs" el contenido por una entrada vacía.
EJ:
<SPARELIBS value=" ;"/>
<PACKAGES value=" ;"/>
Con esto desaparecen las peticiones de archivos .bpi
Iré informando de como se desarrolla el tema, a ver si así se averigua una solución universal para este problema.
De hecho, tengo abierto otro post en el forode LANeros por este mismo tema, y se ha creado un post para usuarios de borland builder c++.