unir vídeos. ¿Programa que lo automatice?

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Que te pase de manera automática archivos de video no, un editor de video semi profesional o profesional trabaja con archivos .avi, cuando metes un archivo diferente como un mpg, el programa de edición tendra que hacer un render para reconocer ese archivo de video.

Y si quieres unir distintas partes de videos haciendo algo mas elaborado te recomiendo ya uses algo mas elevado como Sony Vegas, Premiere en sus diferentes CS o premiere elements.