Si deseas hacer una seccion de tu sitio en Joomla, yo en tu lugar haria lo siguiente:
1.- Un subdominio =
www.subdominio.dominio.com
o en una carpeta aparte de la principal o raiz, =
www.dominio.com/carpeta_de_joomla
2.- Instalaria joomla en lo creado para tal fin
3.- Desde mi pagina principal enlazo o entro a la sección en joomla.
Manda o escribe tu url para entrar a ver que tienes y poder ayudarte dando ideas