Lo que no estás teniendo en cuenta es que los navegadores no interpretan el innerHTML de la misma manera en que parece escrito.
Esto, por ejemplo:
Código:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title></title>
<script>
onload=function(){alert(document.body.innerHTML)}
</script>
</head>
<body>
<div style="color:red;cursor:pointer" onclick="alert(123)">ejemplo</div>
</body>
</html>
En Firefox se muestra tal cual está escrito. En explorer, algunos atributos y los tags aparecen en mayúscula, algunas comillas se eliminan, etc.
Es por eso que no podés confiar en ese if.