Hola xixy!
Lo primero, decirte que deberias explicar un poco que tipo de proyecto deseas hacer, ya que no es lo mismo planificar una web destinada a un foro, que un portal de un banco (por ejemplo). Y también, decirnos cuantas personas tienes dedicadas a que, porque, si sois cuatro contigo, digamos 2 dedicados a programación,y dos al diseño, es más factible que os organiceis por secciones, aunque obviamente, el diseño suele ir mucho más rápido que la programación.
Si nos dices más o menos,
que quieres para tu proyecto, te podemos dar ideas de como lo puedes hacer, más especificamente.
No depende de programas ni de el qué, sino de variables como el quien, el como, el tiempo...
Espero, aunque sea infimamente, haberte ayudado algo!
Un saludo y suerte!