Error al comparar innerHTML

[venkman]

Es lógico que no funcione. "Texto" no es lo mismo que "<span>Texto</span>", ¿no?

Dependerá del contenido que tengas la comparación que hagas. Probablemente lo que necesitas no es comparar directamente sino buscar si una de las cadenas está dentro de la otra. Algo de tipo if("<span>Texto</span>".indexOf("Texto") != -1) { ... } o similar.