Cita: ¿Se puede combinar las dos bases en un solo sistema?
SI se puede.
Cita: ¿Existe la opción de exportar las tablas de access a mysql?
Acces permite exportar las tablas en formato csv.
Mysql permite importar este formato.
Creo que es ela ruta mas adecuada para una migración.
Cita: ¿Tendré que cambiar todas las sentencias de busquedas, actualización, alta etc. en la programación?
No es necesario. Ambas bases de datos trabajan en sql. (Pueden cambiar algunas cosas, pero en general, las sentencias son iguales)
Un saludo.