Tienes que utilizar dos sentencias, un update (para los que ya existen) y un insert (para los faltantes), como no agregas la estructura de tus tablas ni campos llave, seria algo mas o menos como esto:
Código:
UPDATE TablaDestino
SET D.CamposAActualizar = F.CamposFuente
FROM TablaDestino D
INNER JOIN TablaFuente F
ON D.CamposLlave = F.CamposLlave
INSERT INTO TablaDestino (CamposAInsertar)
SELECT CamposFuente
FROM TablaFuente F
LEFT OUTER JOIN
TablaDestino D
ON D.CamposLlave = F.CamposLlave
WHERE D.CampoLlave is null
Saludos!