Bueno, si no he entendido mal a chalito lo que te propone es precisamente lo que estás haciendo.
Creo que lo que es la parte de cliente te funciona ok. Yo me fijaría en el código del lado servidor.
Pero ahí no te puedo ayuar, pues estoy pez en php, nunca lo he usado (aún)
El hecho de que el resultado te lo muestre en un iframe, en un pop-up o en la misma ventana (es decir, el target) no ha de influír para nada a la hora de mandar datos a la BD.
Creo que lo apropiado sería que pusieras el código de tu página php que te gestiona y envía a la BD tu formulario a ver si entre todos le encontrais dónde está el bug.