Hazlo con los .jar por separado, ejemplo:
- Crea un directorio "MiPrograma" --> Mete el jar de tu programa aquí
- Crea un directorio dentro de este llamado "MisBibliotecas" --> Mete el jar de derby (derby.jar) aquí
- Modifica el manifiesto de tu jar tal que así:
Código:
Class-Path: . ./ ./MisBibliotecas/derby.jar
Y terminaste, ya debería funcionar ^^