Lo que podrias hacer es enviar la nueva pass al formulario desde donde la llamas y luego cuando la persona guarde los datos tu la modificas en tu PHP.
Ahora si lo quieres hacer asincronicamente podrías utilizar xajax ya que no es necesario saber nada (practicamente) de ajax.
ej:
js del popup
Código:
window.opener.formulario.passOculta.value = document.formPopUp.txtPass.value;
luego tu form principal tendrá en passOculta el valor de la nueva pass.
si lo haces con xajax tendrás que crear una función que cambie la pass en php y luego le envías la info del usuario y la nueva pass.
hay muchos sitios en los que puedes encontrar info de xajax y aca te podemos guiar si tienes dudas.
Adios.