Gracias por tu respuesta rayden12345, pero no meparece muy estética la solcuión.
he estado investigando un poco más y he encontrado una posible solución, que tengo que probar a ver, se trata de editar un htaccess para cambiar el orden de carga de los archivos en el servidor, primero el index.html con el flash y luego el index.php del CMS.
Os dejo el link donde se explica mejor:
http://joomla.com.es/foros/index.php?topic=281.0
Un Saludo