Código:
<?php if($this->countModules('top')) : ?>
<div id="top"><jdoc:include type="modules" name="top" style="xhtml" /></div>
<?php endif; ?>
<div id="header"></div>
<div id="container">
<?php if($this->countModules('left')) : ?>
<div id="left"><jdoc:include type="modules" name="left" style="xhtml" /></div>
<?php endif; ?>
<?php if($this->countModules('right')) : ?>
<div id="right"><jdoc:include type="modules" name="right" style="xhtml" /></div>
<?php endif; ?>
esta es la repuestas enserrar el div entre
<?php if($this->countModules('top')) : ?>
<?php endif; ?>