Arriba de todo de la funcion comprueba podes agregar los mensajes, en caso de que los campos esten vacios...
Código PHP:
function comprueba() {
if (!document.form.destinatario.value) alert("Ingrese Apelidos y Nombres");
if (!document.form.direccion.value) alert("Ingrese Direccion");
if (!document.form.telefono.value) alert("Ingrese Telefono");
...
}
De todas formas te va a enviar el formulario, por eso es mejor que hagas un input=button en vez de type=submit, que primero haga el chequeo, y si no hay alertas que envie el formulario.