Wenas.
Claro, puedes hacer por ejemplo, un servlet, .... Te basta con declararlo y mapearlo en el web.xml, y decirle que codigo de error ha de ejecutar, en tu caso seria.
Código:
<error-page>
<error-code>404</error-code>
<location>/servlet/miError</location>
</error-page>
Saludos.