Wenas
Tomcat, no lo se pero me figuro que si, es posible que este usando commons-loggins o una version distinta de log4j.
Si es asi, puede que se este pegando con tu version de log4j.
En tomcat no se como se hace, en OC4J es tan sencillo como quitar el commons logging a mano. Para ello, lo mejor es incluir en el orion-application la siguiente linea, dentro del nodo <imported-shared-libraries>
Código:
<remove-inherited name="apache.commons.logging"></remove-inherited>
Con ello, eliminamos el commons-logging.
En tomcat, habra algo parecido, prueba a ver.
Saludos.