Suponiendo que tu campo oculto esté definido así:
Código PHP:
<input type="hidden" name="oculto" id="pepe" />
Podés asignarle el valor de la variable llamada "valor" de esta manera:
Código PHP:
document.getElementById("pepe").value=valor;
Como ves, referenciamos al campo por su atributo id y le asignamos un atributo value. Luego, en php tendrás que tomar su valor basándote en el atributo name, como siempre (ej: echo $_POST['oculto'])