PHP se ejecuta antes que javascript. No podés hacer eso así. Igualmente, podrías crear una función en javascript que parsee el bbCode de la misma manera que lo hacés en php.
Quizá esto te sirva de punto de arranque:
http://www.disegnocentell.com.ar/ejemplo_/ej.txt
lo pongo como enlace porque el bbCode del foro lo destruye.