No hay ningún problema en instalar IIS y Apache en la misma máquina mientras no coincidan en la misma configuración de IP:puerto.
Lamentablemente IIS es un poco avaricioso con las IPs, así que tienes que ver estos procedimientos para que no se quiera adueñar de todas las IPs:
http://blog.monochrome.co.uk/2006/06...e-same-server/ http://devlicio.us/blogs/billy_mccaf...addresses.aspx