Ayuda en Perl

[Biokari]

si, si lo hice, al principio

Eso si que lo del codigo de matrices no esta en este codigo, pero se supone que lo pongo despues de mi variable $results

Código:

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

#declaracion de variables
my ($file, $data, $fastaHeader, $nameSeq, $Seq, $cpt, $substitute, $resultat, $fileName, @data, @substitute, $col, $numCols, @rowMatrix,@matrix, $numRows, $row, @resultat, $rowMatrix );
#fonction pour effacer les ancien fichier results que se stocke dans un document txt
sub deleteResults {
        $file="Results.txt";
        unlink ($file);
}

#fonction pour ouvrir le fichier txt
sub openFile {
        open FD, "$fileName" or die "File not found\n";
        @data=<FD>;
        close FD;
}

#fonction pour ecrir dand mon fichier texte le nom de la sequence
sub changeData {
        foreach $data (@data) { #pour un valeur de @data le garde dans $data
                if ($data =~ /(>.*)/) { #si debute avec >, il prend le signe et tout ce que il y a derrier
                        $fastaHeader=$1; #garder dans ma variable $fastaHeader
                        print $fastaHeader;#print dans la console
                        open (FH, ">>Results.txt"); #creer le fichier result, si il n'exsite pas (ça depend de la fonction deleteResult)
                        print FH $fastaHeader;#print dans le fichier
                        close FH;
                }
                if ($data=~ />(.*)/) { # ici je prend le titre sans > pour l'afficher dans mon fichier txt dans la position de sequences
                        $nameSeq=$1;
                }
                if ($data =~ /([atgc-]*)/) { #je cherche les sequences
                        $Seq=$1; 
                        print "$Seq\t"; #print dans la console
                        open (FH, ">>Results.txt");#ecrit dans le fichier results,
                        print FH "$Seq\t"; #print les sequences dans le fichier et le metre desous le titre
                        close FH;
                }
               
                $cpt=0;# compteur pour les sequences inicialise a cero
                @substitute=split(//, $Seq);#je prend $seq et je le split dans mon tableau $substitute, les // serve pour prendre que les sequences et pas des autres signes
                foreach $substitute (@substitute){ #pour chaque element $substitute du tableau @substitute...
                        if ($substitute =~ /([atgc])/) { #si cet element correspond a un atgc...
                                $cpt+=1; #je comence mon compteur a partir de 1 et les suivant 1+1=2+1=3+1...
                                $resultat=$nameSeq."-".$cpt."; "; #mon resultat = nom de la sequence+un tiré+le compteur+";" comme ça "sequence1-1;"
                        }
                        else {
                                if ($substitute =~ /([-])/) { #alors si trouve un gap
                                        $resultat=$nameSeq."-{".$cpt."-".($cpt+1)."}; "; #mon resultat = nom sequence+un tiré+(compteur+tiré+competeur+1)+";".
                                }       
                        }
                       
                        print $resultat;
                        open (FH, ">>Results.txt");# ecrit dans le fichier resultat les $resultat
                        print FH "$resultat\t"; #afiche dans le fichier texte
                        close FH;
                }
                print "\n";#ceci c'est pour afichier la deuxime sequence a la deuxieme ligne apres avoir fait la deuxieme boucle
                open (FH, ">>Results.txt");
                print FH "\n";
                close FH;
        }
       
}              
       
       
&deleteResults();

$fileName="Alignement1.txt";
&openFile();
&changeData();