HAz un echo a la instruccion, para ver que es lo que esta mandando.
Código PHP:
$instruccion = "SELECT ".$higuerote.".*, ".$mamporal.".* FROM ".$higuerote." INNER JOIN ".$mamporal." ON ".$higuerote.".Codigo = ".$mamporal.".Codigo WHERE ".$higuerote.".Codigo LIKE '%$txtCodigo%' and ".$mamporal.".Codigo LIKE '%$txtCodigo%' ORDER BY ".$higuerote.".Codigo ASC";
echo $intruccion;
$query = mysql_query ($instruccion, $conexion) // aca el ;
$nfilas = mysql_num_rows ($query);
Saludos.