Se ha hablado extensamente sobre el asunto en varios temas. Por ejemplo:
http://www.forosdelweb.com/f18/probl...ciales-676631/
Básicamente, lo que tienes que hacer es unificar la codificación de tus archivos (de preferencia usa la codificación UTF-8 por ser la más generalizada, así evitarás muchos problemas al transferir datos a otros servidores)