aaahhh, ok, entonces muevo tu pregunta al foro de programación, ya que aquí solo es ASP y IIS
pero yo lo que haría es hacer un programita de no más de 5 lineas en Delphi, VB, C# que corra ese proceso en segundo plano y el ejecutable de ese proceso sería el que metería en la tarea programada.
Aunque ya analizando el comando que estas corriendo, lo que puedes hacer simplemente es agregarle el parámetro
-batch para que no te muestre la ventana de comandos
http://the.earth.li/~sgtatham/putty/.../Chapter7.html
Saludos