¿Qué componente usáis para generar el PDF? ¿El script desde el que se genera el pdf tiene un charset correcto (
utf-8 o
iso-8859-1)? ¿Y los campos de la BD están en la misma codificación? ¿El componente PDF permite configurar el charset del documento o toma el de la página llamante?
Vamos, que mucha ayuda no os puedo dar pero sí ideas de por dónde investigar...