muchas gracias por su ayuda le hise una pequeña modificacion en los count
y ya me funciono
Código PHP:
SELECT departamentos.nombre, (SELECT count(ciudades.nombre) FROM ciudades WHERE ciudades.CDepartamento = departamentos.Codigo) as ciudades, (SELECT count(comunas.nombre) FROM comunas WHERE ciudades.Codigo = comunas.CCiudad) as comunas FROM departamentos INNER JOIN ciudades on departamentos.codigo = ciudades.CDepartamento INNER JOIN comunas on ciudades.codigo = comunas.CCiudad GROUP BY departamentos.nombre;