No creo que sea problema de permisos, pero:
1- No es necesario que cambies los permisos cada vez que subas archivos, solo cuando creas el directorio, ya sea por FTP o por script.
2- Ya verificaste que las rutas esten correctas? puedes usar
is_dir('directorio') para eso:
Por ultimo, presiento que es mas problema de validacion que de permisos, si muestras todo tu codigo seria mas facil averiguarlo.