Hola!
Mira, la verdad no entendí

bien la configuración de tu equipo! a ver;

tenes 1 disco duro o 2?
Tenes 1 disco duro solo, con 2 particiones (C y D)?
Y cual disco o partición es la que tiene la información importante, y cual es la que tiene instalada el windows ?
Espero tus aclaraciones, Saludos!