Gracias por sus respuestas, y al final lo resolví, como hoolligan666 dijo, el apuntador estaba en la última posición, solo había que releer el archivo y eso soluciono el problema, aquí dejo lo que hice,
Código:
public static void main(String[] args) throws Exception
{
BufferedReader sarchivo = null;
sarchivo = new BufferedReader(new FileReader("boka.txt"));
int k = 0;
String linea = "";
while ((linea = sarchivo.readLine()) != null)
{
k++;
}
//System.out.println(k); //Total de líneas
String line = null;
int cantLine = 0;
BufferedReader sarchivoA = null;
sarchivoA = new BufferedReader(new FileReader("boka.txt"));
while (cantLine < k - 2)
{
if (sarchivoA.readLine() == null)
{
throw new IOException ("Archivo demasiado pequeño");
}
cantLine ++;
}
while (cantLine <= k - 2)
{
line = sarchivoA.readLine();
if (line == null)
{
return;
}
System.out.println(line);
String cadena = null;
String uno, dos, tres;
uno = line.substring(1,5);
dos = line.substring(6,10);
tres = line.substring(11,15);
cadena = "Primer dato: " + uno + " Segundo dato: " + dos + " Trecer dato: " + tres;
System.out.println(cadena);
cantLine++;
}
}