Mi opinión es que no te va a perjudicar el poner solo una parte de las páginas en el sitemap, a la espera de tener desarrollado todo el script para el sitemap.
Un sitemap tiene como finalidad, la de decirle a los buscadores "ehhh, indexa estas páginas, por si te despistas y no pillas todas". El que tengas una parte de las URL's en el sitemap, no significa que le digas a los buscadores "ehhh, indexa SOLO estas páginas". Con el sitemap, le estás dando pistas, es decir, estás ayudando a los buscadores, a realizar su tarea de indexación.
Bueno, todo esto tú ya lo sabes, que eres un experto en estas lides
